در پی فرمان رهبر کبیر انقلاب اسلامی حضرت امام خمینی (قدس سره) درتاریخ 1359/3/23 مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی، ستاد مزبور در جلسه مورخ 1359/5/16 به منظور تحقق بخشیدن به اهداف انقلاب فرهنگی، جهاددانشگاهی را به عنوان یک نهاد انقلابی و برخاسته از انقلاب فرهنگی تاسیس کرد.
پس از تبدیل ستاد به شورای عالی انقلاب فرهنگی، اساسنامه این نهاد در تاریخ 1365/9/11 مورد تجدید نظر قرار گرفت و با حذف وظیفه مشارکت در مدیریت اداره دانشگاه ها و تاکید بر انجام فعالیت های فرهنگی و تحقیقاتی به منظور اسلامی شدن دانشگاه ها به تصویب رسید.
بار دیگر شورای عالی انقلاب فرهنگی با توجه به شرایط جدید دانشگاه ها در تاریخ 1369/8/22 مصوبه ای را به تصویب رساند که در آن جهاددانشگاهی به عنوان پلی میان دانشگاه و بخش صنعتی، خدماتی کشور معرفی شد.