بیمارستان امام زمان (عج) در سال 1359 به کوشش خیر محترم جناب آقای حاج محمد خادم الخمسه با بخش کوچکی به نام درمانگاه خیریه امام زمان(عج) در نیمه ماه مبارک رمضان مصادف با میلاد با سعادت حضرت امام حسن مجتبی (ع) و با حضور دو پزشک عمومی و بخش تزریقات و پانسمان و داروخانه داروی رایگان آغاز به کار نمود.
در سال 1367 بخش دو جراحی بیمارستان امام زمان (عج) مشهد افتتاح شد و بخشهای عمومی، درمانگاه، زنان، اطفال، چشم، بینایی سنجی، دندانپزشکی، آزمایشگاه، رادیولوژی و بخشهای تخصصی فعالیت خود را ادامه داد.
در سال 1368 بخش یک جراحی افتتاح شد و در همین سال بخش زنان و مردان از یکدیگر تفکیک گردید. بیمارستان خیریه امام زمان (عج) در این سال دارای 5 اتاق عمل بود و آخرین بخش بستری بیمارستان به همراه گسترش بخش نوزادان و مهد کودک ویژه فرزندان کارکنان این مرکز مورد بهره برداری قرار گرفت.