فروشگاه انتشارات ققنوس در بهمن ماه سال 1356 آغاز به کار کرد، اما این آغازِ کار نبود: امیر حسین زادگان، مؤسس انتشارات، کارش را در این حوزه از سال 1350، در یکی از محلات جنوب غربی تهران، مهرآباد جنوبی، و با راه اندازی کتابفروشی «امیر»، شروع کرد. کتابفروشی، چهار سال بعد، به بازار بین الحرمین تهران منتقل شد. البته، آن وقت دیگر کتابفروشی به انتشارات تبدیل شده بود: انتشارات «امیر».
بعد از دو سال فعالیت در بازار، در اوایل سال 1356 با تغییر نام انتشارات از «امیر» به «ققنوس» و انتشار نخستین کتاب با نام توراندخت و برنامه ریزی برای انتشار دیگر کتاب ها که عرضه شان در بازار ممکن نبود، مدیر انتشارات تلاش هایش را برای انتقال به مرکز بازار نشر و عرضه کتاب ایران، یعنی خیابان شاه رضای آن روز و اصطلاحاً «روبروی دانشگاه»، شدت بخشید.
بعد از تلاش ها و پیگیری ها، سرانجام با مساعدتِ محمود کاشی چی، مدیر انتشارات گوتنبرگ، خرید فروشگاه میسر شد؛ همان فروشگاهی که هنوز هم، در دو طبقه، در بازارچه کتاب قرار دارد و ویترین و مرکز تکفروشی کتاب های مجموعه نشر و پخش است. این فروشگاه بیش از سی سال است که محل آمد و رفت علاقه مندان و اهالیِ ادبیات و فرهنگ این سر زمین بوده است.
اولین کتاب هایی که انتشارات ققنوس منتشر کرد عبارتند از: توراندخت، اثر برتولت برشت و با ترجمه زنده یاد رضا کرم رضایی؛ منظومهخاک، سروده محمدعلی سپانلو و شازده احتجاب، اثر زنده یاد هوشنگ گلشیری.
کمی بعد، همزمان با اوج گیری مبارزات مردمی علیه رژیم شاهنشاهی، انتشارات ققنوس در نیمه دوم سال 1357 دست به کار انتشار آثاری شد که هر یک به طریقی در روند تکاپوهای اجتماعی آن روزگار مؤثر و نقش آفرین بودند. این کتاب ها، که در روزهای سلطه ساواک و تسلط پهلوی امکان نشر نداشتند، اصطلاحاً «جلد سفید» نامیده می شدند. گذشته چراغ راه آینده است، از جامی؛ بچه های دیروز که به میدان آمده اید به میدان آمدنتان مبارک باد، از مرتضی رضوان؛ پیشاهنگ و توده، از بیژن جزنی؛ مصاحبه اوریانا فالاچی با شاه و سخن در حلقه زنجیر(اسنادی از سانسور مطبوعات ایران)، نوشته جواد مجابی شماری از این آثار بودند.