آلاء با در نظر گرفتن رشد روز افزون نیازهای خیر کشور از یک سو و از سوی دیگر حضور پررنگ تر خیرین در عرصه های مختلف امر خیر، ضرورت نظم دهی و ساماندهی به امور خیر را بیش از هر زمان دیگر احساس و پرداختن به این مهم را به عنوان یکی از ارکان اساسی خود در نظر گرفت و تلاش کرد در یک فرآیند فعالیت های خود را در به دو بخش کلان خیر جاری (امور تصدی گری) و خیرماندگار ( امور راهبری) تقسیم بندی کند. مدیریت راهبردی مدیریت راهبردی و برنامه ریزی بلندمدت و نگاه به افق های دورتر، ثمرۀ داشتن نگاهی علمی و نظام مند است که از وجوه تمایز بنیاد آلاء با سازمان های مشابه به حساب می آید. افزون بر این، داشتن کمیته های تخصصی برای هر طرح، متشکل از صاحب نظران و متخصصان سرآمد در حوزه های گوناگون، بر غنای برنامه ریزی ها افزوده است و بهره مندی از کارشناسان متعهد را در حوزه های متنوع امکان پذیر کرده است.