ماموریت کوثر عبارت است از سازمان‌دهی و جهت‌دهی سرمایه فکری و انسانی دانشگاهی برای حل مسائل اولویت‌دار و راهبردی کشور در قالب ارائه‌ی محصولات و خدمات و توسعه‌ی نهادهای پایدار و نوآور.